Miesiąc później, 26 października przekształcono ją w Generalną Dyrekcję Kolei Wschodniej (Generaldirektion der Ostbahn – Gedob), która następnie przeniosła swoją siedzibę do Krakowa, stolicy nowo utworzonego Generalnego Gubernatorstwa (Generalgouvernement). Tamże dyrekcja mieściła się w budynku b. polskiej Dyrekcji Kolei w Krakowie przy pl. Jana Matejki. Jednocześnie powstały w tym samym czasie tzw. dyrekcje operacyjne Kolei Wschodnich (Ostbahnbetriebsdirektionen – OBD)Odpowiedniki polskich dyrekcji [okręgowych] kolei państwowych. w Krakowie (Krakau), Lublinie, Radomiu i Warszawie (Warschau). Do obowiązków Dyrekcji Generalnej należało zarządzanie finansami, polityka cenowa i kadrowa, korelacja prawa kolejowego z ustawodawstwem Generalnego Gubernatorstwa. W dniu 9 grudnia 1939 rozwiązano Biuro Rozrachunków b. Dyrekcji Kolei w Łodzi.
Po ataku III Rzeszy na ZSRR Po ataku Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941, 1 sierpnia 1941 Gedob przejął linie na terenie utworzonego wówczas Dystryktu Galicja Generalnego Gubernatorstwa i powołano Dyrekcję Operacyjną Ostbahn we Lwowie. W wyniku rosnących niemieckich strat terytorialnych 1 listopada 1944 dyrekcję tę wchłonęła Dyrekcja Operacyjna w Krakowie.