Podczas tych samych rozgrywek został również uhonorowany w oficjalnym plebiscycie Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej nagrodą dla najlepszego środkowego obrońcy sezonu.
W styczniu 2009 Muñoz Mustafá został piłkarzem drużyny CF Pachuca, z którą już w wiosennym sezonie Clausura 2009 w roli kluczowego defensora wywalczył tytuł wicemistrza kraju, a także zajął drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze. W 2010 roku triumfował za to ze swoją ekipą w najbardziej prestiżowych rozgrywkach kontynentu – Lidze Mistrzów CONCACAF, dzięki czemu mógł wziąć udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, gdzie zajął ostatecznie piąte miejsce. Po prawie czterech latach spędzonych w Pachuce przeszedł do beniaminka najwyższej klasy rozgrywkowej – Club León, w którego barwach występował kolejne sześć miesięcy w roli rezerwowego, po czym podpisał kontrakt z zespołem San Luis FC z miasta San Luis Potosí. Barwy tej ekipy reprezentował przez pół roku jako podstawowy zawodnik.