20 października 1990 roku ks. kard. Franciszek Macharski erygował w Harmężach parafię pod wezwaniem Matki Bożej Niepokalanej i na stałe oddał ją pod opiekę Franciszkanom (OFMConv) z krakowskiej Prowincji św. Antoniego i bł. Jakuba Strzemię. Proboszczem nowo powstałej parafii został mianowany o. Stanisław Sikora. 26 sierpnia 1990 roku został poświęcony krzyż i plac pod budowę świątyni przez ówczesnego prowincjała o. Zdzisława Gogolę. Dzięki pomocy całego Zakonu i parafian prace przy budowie kościoła postępowały bardzo szybko. 28 maja 1993 r. w 53 rocznicę osadzenie św. Maksymiliana w KL Auschwitz bp Tadeusz Rakoczy – ordynariusz diecezji bielsko – poświęcił nowo wybudowaną świątynię.
W ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Bożej, sprowadzony ze Lwowa, przed którym w czasie gimnazjum modlił się Maksymilian Maria Kolbe.
To przed tym obrazem Kolbe przyrzekł walczyć dla Maryi.
Warto wspomnieć, że ojciec Maksymilian Kolbe w swoim klasztorze w Niepokalanowie przyjął 3 tysiące osób wysiedlonych przez Niemieckich okupantów z Poznańskiego, w tym około 1500 Żydów.