Do Londynu przybył 28 lipca 1940 roku i wkrótce został mianowany kierownikiem Archiwum Sztabu Naczelnego Wodza. Bezzwłocznie przystąpił do rozpakowywania przewiezionych z Francji skrzyń z ewakuowanymi z Warszawy aktami wojskowymi. Zginął podczas nocnego bombardowania Londynu. Jest obecnie uznawany za pioniera polskiej archiwistyki wojskowej. Został pochowany z honorami wojskowymi na cmentarzu Streatham Park w południowej części Londynu.
10 lipca 2003 minister obrony narodowej „dla zachowania w pamięci szczególnych zasług mjr Bolesława Waligóry, bohaterskiego oficera wojny 1920 roku, twórcy archiwistyki wojskowej” nadał Centralnemu Archiwum Wojskowemu w Warszawie imię patrona mjr. Bolesława Waligóry...
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 6249 – 17 maja 1922 Krzyż Niepodległości – 6 czerwca 1931 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski – 11 listopada 1937 „za zasługi w służbie wojskowej”. Krzyż Walecznych po raz pierwszy – 1921 Złoty Krzyż Zasługi Srebrny Krzyż Zasługi – 25 maja 1929 „za zasługi w pracy nad historją wojenną pułków polskich”M.P. z 1929 r. nr 123, poz.