Galerie Autorskie takich twórców jak: Marian Kruczek, Jan Berdyszak i Lucyna Krakowska stanowiły w tym okresie wizytówkę naszego muzeum.
Program ekspozycyjny Muzeum Ziemi Lubuskiej został istotnie zmieniony w 1998 r., kiedy to Muzeum Ziemi Lubuskiej przeszło pod nadzór Zarządu Województwa Lubuskiego. Zlikwidowana została większość galerii autorskich. W większym stopniu zaczęto prezentować lokalne dziedzictwo kulturowe. Powstały nowe stałe galerie poświęcone m.in.: malarstwu Tadeusza Kuntzego, historii Zielonej Góry. Najnowsze trendy w sztuce współczesnej ukazuje powstała w 2001 roku Galeria „Nowy Wiek”. Działania Muzeum Ziemi Lubuskiej w zakresie ochrony i popularyzacji regionu wpisują się w koncepcję „muzeum tożsamości” opracowaną przez Andrzeja Toczewskiego, długoletniego dyrektora Muzeum w latach 1998–2015A. Siatecki, Aleja Niepodległości 15. Przechadzki po zielonogórskim muzeum tożsamości, Zielona Góra 2012.Zielonogórskie muzeum tożsamości, red. A. Maksymowicz, Zielona Góra 2015..
W latach 2019–2020 nastąpiła rozbudowa instytucji. Do istniejącego gmachu Muzeum dobudowany został nowy gmach, pozwalający na poszerzenie powierzchni ekspozycyjnej o ponad 800 m².