Podczas okupacji kompleks budynków bernardynów został zajęty przez Niemców, a zakonnicy wysiedleni. Budynek, w którym mieściło się gimnazjum, przejął Główny Urząd Rasy i Osadnictwa SS. W świątyni Niemcy urządzi garaże i stajnię. Z tego powodu w 1945 została ona poświęcona po raz drugi. mały|lewo|190px|Wnętrze świątyni W 1945 r. bernardyni wrócili do Łodzi. W gmachu gimnazjum zajęli sutereny i parter, gdyż wszystkie piętra władze państwowe wydzierżawiły od klasztoru i przeznaczyły do użytku szkolnictwa publicznego. Mieściły się tam najpierw XI LO, a następnie szkoła pielęgniarska.
20 listopada 1974 przy kościele św. Elżbiety została erygowana parafia.
Kościół pierwotnie znajdował się przy ul. Spornej 71/73. W 2007 Rada Miejska w Łodzi, na wniosek proboszcza i grupy parafian, zmieniła nazwę odcinka ulicy Spornej, przy której znajduje się kościół i klasztor (od ulicy Wojska Polskiego do alei Grzegorza Palki) na ul. bł. Anastazego Pankiewicza.
W 1990 do klasztoru w Łodzi przeniesiono z Kalwarii Zebrzydowskiej Niższe Seminarium Duchowne Prowincji OO. Bernardynów. W 1995 zostało ono przekształcone w koedukacyjne Katolickie Liceum Ogólnokształcące im. O. Anastazego Pankiewicza. Obecnie tradycje przedwojennej szkoły bernardyńskiej w tym miejscu kontynuują dwie placówki: Katolickie Liceum Ogólnokształcące im. o.