Arcybiskup gnieźnieński Jan Lipski dokonał podniesienia relikwii w 1640 r.; wystawił również dokument, w którym pozwolił odprawiać msze przy jego ołtarzu, fundacji Doroty Opalińskiej. Podobnym kultem cieszył się jeszcze inny świątobliwy zakonnik, Melchizedech z Warty, zmarły w 1480 r., jeden z towarzyszy podróży św. Jana Kapistrana.
Klasztor w Warcie odgrywał ważną rolę w prowincji zakonnej. Odbywały się tu kapituły. Tu też mieściło się studium zakonne: filozofii, teologii i retoryki. Miała też Warta jedną z lepszych obsad kaznodziejskich, co owocowało zwłaszcza w okresie Reformacji. Bracia prowadzili również, na przełomie XVIII – XIX w. szkołę oraz seminarium nauczycielskie.
Wraz z upadkiem powstania styczniowego ograniczono do minimum działalność konwentu. Carskie władze uznały go za klasztor etatowy, do którego zwożono braci z innych miejsc. Ostateczna kasata nastąpiła w 1898 r.; klasztor zamieniono w szpital psychiatryczny, a kościół oddano w kuratelę księży świeckich.