Aresztowany w 1930 i uwolniony w roku następnym, w 1935 został zmuszony do wyjazdu z Leningradu do Saratowa. W mieście tym prawdopodobnie nie prowadził pracy duszpasterskiej, lecz porządkował swoje pisma i kazania. Do czynnej działalności w Cerkwi wrócił w październiku 1941.
Biskup 200px|right|thumb|Grzegorz (Czukow) w dniu swojej chirotonii biskupiej ze swoimi konsekratorami. Siedzą od lewej Grzegorz (Czukow), arcybiskup ufijski Stefan, metropolita Sergiusz, arcybiskup kujbyszewski Aleksy, arcybiskup riazański Aleksy 13 października 1942 w Uljanowsku, gdzie przebywał locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolita Sergiusz, złożył wieczyste śluby mnisze z imieniem Grzegorz (jego żona zmarła, zaś wszystkie dzieci zginęły w czasie blokady Leningradu). 14 października tego samego roku został wyświęcony na biskupa saratowskiego. Od tego momentu zaliczał się do najbliższych współpracowników metropolity, a następnie patriarchy Sergiusza. Od 1942 był ponadto locum tenens eparchii stalingradzkiej, następnie również eparchii tambowskiej.