Zagrożenie i ochrona 15 gatunków Bomarea, endemicznych dla Ekwadoru, ujętych zostało w Czerwonej księdze gatunków zagrożonych IUCN w wersji 2010.4., z czego 12 jako zagrożone wyginięciem, w tym: 5 gatunków ze statusem CR (krytycznie zagrożone): Bomarea angustifolia Bomarea goniocaulon Bomarea graminifolia Bomarea hartwegii Bomarea longipes 3 gatunki ze statusem EN (zagrożone): Bomarea ceratophora Bomarea chimborazensis Bomarea uncifolia 4 gatunki ze statusem VU (narażone): Bomarea elegans Bomarea gracilis Bomarea lanata Bomarea lutea
Głównym zagrożeniem dla tych roślin jest niszczenie i fragmentacja siedlisk związane z wypasem bydła, nieskoordynowaną kolonizacją, przekształcaniem terenów na łąki i plantacje eukaliptusa, wylesianiem i podpaleniami, a także wypieranie przez gatunki inwazyjne.
22 gatunki zaliczane do tego rodzaju ujęte są w Czerwonej Księdze Roślin Endemicznych Peru, w tym 3 ze statusem CR (krytycznie zagrożone): Bomarea angustissima, Bomarea campylophylla i Bomarea latifolia. 4 gatunki endemiczne dla Chile uznane zostały za zagrożone wyginięciem według Enciclopedia de la Flora Chilena, wszystkie ze statusem EN (zagrożone).