Transport mały|Przejazd pod torami na ulicy Kolejowej Zielonka jest istotnym węzłem drogowym i kolejowym.
Drogi W Zielonce krzyżują się drogi wojewódzkie: droga wojewódzka nr 631: Warszawa – Zielonka – Nowy Dwór Mazowiecki, droga wojewódzka nr 634: Warszawa – Zielonka – Tłuszcz. W grudniu 2017 zakończyła się budowa odcinka trasy S8 Marki – Radzymin, do którego dostęp zapewnia węzeł „Zielonka” na skrzyżowaniu z DW 631, położony na granicy Marek i Zielonki. Na terenie miasta znajdowała się także krótka droga wojewódzka nr 625 łącząca drogę wojewódzką 634 ze stacją kolejową. Droga ta została przekształcona w drogę gminną 18 września 2018 rhttps://bip.mazovia.pl/resource/5522/uchwala.pdf.
Po modernizacji ulicy Kolejowej, pod torami kolejowymi przebiega przejazd dla aut oraz węższy chodnik dla pieszych.
Kolej mały|Stacja kolejowa Zielonka Zielonka leży przy ważnych liniach kolejowych. Pociągi kursują w kierunkach: Zielonka – Tłuszcz – Białystok (tzw. kolej warszawsko-wileńska), Zielonka – Warszawa Wileńska, Zielonka – Warszawa Zachodnia (od 1933).
W obrębie miasta znajdują się dwie stacje kolejowe: węzłowa Zielonka i Zielonka Bankowa.