Postawienie zarzutów W 2016 M. Ostojski został aresztowany pod zarzutami korupcji, przekroczenia uprawnień w celu osiągnięcia korzyści majątkowej, oszustwa i fałszerstwa dokumentu. W 2017 Prokuratura Okręgowa w Warszawie poinformowała, że postawiono mu łącznie 94 zarzuty, m.in. korupcji, nadużycia uprawnień w celu przyjęcia korzyści majątkowej, oszustwa, przywłaszczenia mienia i fałszowania dokumentów. Śledztwo trwało prawie dwa lata. Akt oskarżenia objął również jego córkę Esterę.
Publikacje Patenty Ostojski M., D. Karkosiński: Urządzenie do poboru próbek cieczy zwłaszcza z otwartego kanału ściekowego. Patent PRL nr 148659 (świadectwo autorskie 253896 z dnia 9 maja 1990 r.)
Inne publikacje Światowy Dzień Wody 2006. Water for life 2005–2015. Wyd.: Komitet Gospodarki Wodnej PAN, Warszawa czerwiec 2006 r. Ramowa Dyrektywa Wodna Unii Europejskiej – stan wdrażania w Polsce. Wyd.: Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej, Warszawa, 2008 r. Bałtycki Plan Działań Komisji Helsińskiej. Wyd.: Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej, Warszawa 2008 r. Polityka wodna UE w zakresie ochrony wód Bałtyku. Wyd.: Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej, Warszawa, 2010 r. Broń chemiczna zatopiona w Morzu Bałtyckim w wyniku działań wojennych. Wyd.