W roku następnym arcybiskup Józef został wyznaczony na metropolitę leningradzkiego.
Metropolita leningradzki Duchowny przybył na katedrę leningradzką w sierpniu 1926. Jego przyjazd spotkał się z entuzjastycznym przyjęciem prawosławnych wiernych w mieście. Jednak już ostatniego dnia tego samego miesiąca duchowny udał się ponownie do Rostowa, by pożegnać się z wiernymi poprzedniej eparchii. Ponieważ władze radzieckie we wrześniu tego samego roku zabroniły mu powrotu do LeningraduD. Pospielovsky: The Russian Church under the Soviet regime 1917–1982. Crestwood-New York: St. Vladimir's Seminary Press, 1984, s. 153. ., metropolita Józef zarządzał eparchią przez pośredników - wyznaczonych biskupów pomocniczych, którzy mogli go odwiedzać w Rostowie. Po upływie roku Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego uznał tę sytuację za nienormalną i przeniósł metropolitę Józefa na katedrę odeską. List z informacją o tej decyzji dotarł do hierarchy za późno i dowiedział się on o niej z trzeciej ręki, co wywołało u niego ogromne rozgoryczenie i skłoniło nie tylko do protestów przeciwko przeniesieniu, ale i do poważniejszego wystąpienia przeciwko zastępcy locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolicie Sergiuszowi (Stragorodskiemu).