11 sierpnia 1962 w Ławrze Troicko-Siergijewskiej złożył wieczyste śluby mnisze z imieniem Nikon na cześć świętego mnicha Nikona z Radoneża. Trzy dni później otrzymał godność archimandryty. 26 sierpnia 1962 miała miejsce jego chirotonia na biskupa wyborskiego, wikariusza eparchii leningradzkiej, w której jako konsekratorzy wzięli udział metropolita leningradzki i ładoski Pimen, arcybiskup jarosławski i rostowski Nikodem, arcybiskup możajski Leonid (Polakow), biskup dmitrowski Cyprian oraz biskup talliński i estoński Aleksy. Od listopada tego roku nosił tytuł biskupa łuskiego, pozostając wikariuszem eparchii leningradzkiej.
W 1963 przeniesiony na katedrę ryską i łotewską, sprawował urząd przez trzy lata, do momentu ponownego przeniesienia do eparchii archangielskiej i chołmogorskiej. Następnie od 1977 do 1982 kierował eparchią kałuską i borowską, od 1977 jako arcybiskup. Od 1982 do 1984, gdy odszedł w stan spoczynku, był arcybiskupem permskim i solikamskim. Żył od tej pory w Leningradzie, regularnie odprawiał nabożeństwa w cerkwi Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej w tym mieście oraz w cerkwi św.