Rok później po raz drugi uczestniczył w Pucharze Konfederacji w Arabii Saudyjskiej, w którym Argentyńczycy zajęli drugie miejsce, a on zdobył dwie bramki w grupowym meczu z Japonią.
W 1995 roku brał udział w Copa América w Urugwaju, w którym rozegrał cztery mecze i strzelił cztery gole (m.in. zdobył bramkę w przegranym po serii rzutów karnych spotkaniu ćwierćfinałowym z Brazylią), dzięki którym po raz drugi został królem strzelców mistrzostw Ameryki Południowej. 14 maja 1998 roku w towarzyskim pojedynku z Bośnią i Hercegowiną rozegranym w Córdobie zdobył swojego drugiego hat-tricka w kadrze narodowej, zapewniając reprezentacji zwycięstwo (5:0).
10 marca 1998 roku w meczu towarzyskim z Bułgarią, Batistuta zdobył 35 bramkę w kadrze narodowej, stając się tym samym najlepszym strzelcem w historii reprezentacji (poprzednim rekordzistą był Diego Maradona). W tym samym roku uczestniczył w mistrzostwach świata, z których Albicelestes odpadli w ćwierćfinale, po spotkaniu z Holandią (2-1). Batistuta na francuskim turnieju zagrał w pięciu meczach i strzelił pięć goli – zdobył jedną bramkę w spotkaniu z Japonią, trzy w pojedynku z Jamajką i jedną w meczu 1/8 finału z Anglią.