Finansowanie Projekt PESEL2 był współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i realizowany w ramach Narodowego Programu Rozwoju na lata 2004–2006, którego częścią był Sektorowy Program Operacyjny Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw (SPO WKP), Działanie 1.5 Rozwój systemu dostępu przedsiębiorców do informacji i usług publicznych on-line.
Przy wstępnych założeniach koszt projektu PESEL2 miał wynieść 200,1 mln zł, z czego tylko 25% miało pochodzić z budżetu krajowego, a pozostała część miała zostać dofinansowana z Sektorowego Programu Operacyjnego Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw (Działanie 1.5).
Realizacja projektu Wykonywane działania Wrzesień 2005 r. – podpisanie umowy pomiędzy MSWiA a MNiSW na dofinansowanie projektu PESEL2, Zaplanowany okres realizacji projektu: 1 czerwca 2005 – 31 grudnia 2007, Sierpień 2006 r. – powołanie Biura Projektu;