Z okazji wyboru na drugą kadencję, objął amnestią byłego prezydenta Joachima Yhombiego-Opangę. W latach 1986–1987 był przewodniczącym Organizacji Jedności Afrykańskiej. Pod koniec 1987 na północy kraju wybuchł poważny bunt wojskowy, stłumiony przy pomocy sił francuskich. W lipcu 1989 został wybrany na trzecią kadencję przewodniczącego KC PCT i prezydenta kraju.
W wyniku rozpadu bloku wschodniego, pod presją francuską rozpoczął przygotowywania do wdrażania demokracji. W grudniu 1989 ogłosił zakończenie kontroli w gospodarce, a także w 30. rocznicę niepodległości Konga ogłosił amnestię dla więźniów politycznych. W 1990 starał się poprawić sytuację ekonomiczną i zmniejszyć bardzo wysoki poziom korupcji. We wrześniu 1990 wprowadził pluralizm polityczny i od tego czasu opozycyjne partie działały legalnie. Sassou-Nguesso odbył także symboliczną wizytę w USA, uzyskując kolejną pożyczkę od MFW. W lutym 1991 rozpoczęła się Krajowa Konferencja, którą zdominowała opozycja. Na niej ogłoszono przeprowadzenie wyborów generalnych w 1992, a także powołano Andre Milongo na stanowisko premiera. Od tego momentu Sassou-Nguesso stracił uprawnienia wykonawcze na rzecz premiera. Sassou-Nguesso otrzymał zakaz opuszczania kraju bez zgody rządu tymczasowego.