Krótko po tym w 1994 wyemigrował do Paryża. Do Konga powrócił 26 stycznia 1997.
Wojna domowa
Kiedy Denis Sassou-Nguesso wrócił do kraju, w maju 1997 złożył wizytę w Owando, gdzie spotkał się z premierem Yhombi-Opango. Sassou-Nguesso proponował przyłączenie się Yhombi-Opanandze do rebelii, która doprowadzić miała do obalenia prezydenta. Wydarzenie to spowodowało zamieszki między zwolennikami polityków. 5 czerwca 1997 siły rządowe otoczyły dom generała w Brazzaville i zatrzymano wtedy Pierre Aboyę i Engobo Bonawenturę, oskarżanych o wzniecanie nastrojów antyrządowych. Od tej pory dochodziło do starć bojówek na czele których stał Sassou-Nguesso, zwanych Cobra z siłami rządowymi, co doprowadziło do wybuchu wojny domowej. W październiku 1997 doszło do interwencji wojsk Angoli, w wyniku czego prezydent Lissouba, premier Yhombi-Opango i ich zwolennicy byli zmuszeniu do ucieczki z kraju. Tymczasem Sassou-Nguesso 25 października został zaprzysiężony na prezydenta Konga.