Jakubek grał w powstałym w 1986 roku „Young Power”. W 1993 roku wspólnie z Bernardem Maseli założyli duet „Back In”, poszerzany później o znakomitego perkusistę Nippy Noya z Indonezji. Od połowy lat 90. zagrał wiele tras koncertowych: 1996 – Frank Gambale Tour, 1997 – Didier Lockwood Tour, „Susan Weinert & Cezary Konrad Band”, 2005 – „Polish – American Summer Dream Band” ze Steve Loganem. Koncertował również z takimi artystami jak: Eric Marienthal, David Fiuczynski, Mino Cinelu, Chester Thompson, David Friesen, Cindy Blackman, Carmine Appice. Współpracował też z większością nazwisk polskiej sceny jazzowej lat 80. i 90.: Urszulą Dudziak, Ewą Bem, Grażyną Łobaszewską, Markiem Bałatą, Ewą Urygą, Lorą Szafran oraz wieloma innymi.
Rok 2002 był początkiem działalności kwartetu „Ścierański, Napiórkowski, Jakubek, Dąbrówka”. W 2004 roku powstał „Zbigniew Jakubek Quartet”, który współtworzą na scenie: Marek Raduli, Tomasz Grabowy i Artur Lipiński. To bardzo ważna muzycznie formacja, efekt doświadczeń wielu lat scenicznej i muzycznej egzystencji. W 2003 roku został wykładowcą Instytutu Muzyki Uniwersytetu Rzeszowskiego.