Administracyjnie województwo nowosądeckie podzielone było na: 4 miasta (Nowy Sącz, Gorlice, Nowy Targ, Szczawnica), 10 miast-gmin (Grybów, Jordanów, Krynica, Limanowa, Mszana Dolna, Muszyna, Piwniczna, Rabka, Stary Sącz i gmina Tatrzańska wraz z Zakopanem). 33 gminy (Biały Dunajec, Bobowa, Bukowina Tatrzańska, Chełmiec, Czarny Dunajec, Czorsztyn, Dobra, Gorlice, Gródek nad Dunajcem, Jabłonka, Jodłownik, Kamienica, Kamionka Wielka, Korzenna, Krościenko nad Dunajcem, Laskowa, Lubień, Łabowa, Łapsze Niżne, Łącko, Łososina Dolna, Łukowica, Łużna, Moszczenica, Nawojowa, Niedźwiedź, Nowy Targ, Ochotnica Dolna, Podegrodzie, Raba Wyżna, Sękowa, Tymbark, Uście Gorlickie).
Urzędy rejonowe mały|397x397px|Podział kompetencji urzędów rejonowych w latach 1990-99 Urząd Rejonowy w Gorlicach dla gmin: Bobowa, Gorlice, Łużna, Moszczenica, Ropa, Sękowa i Uście Gorlickie oraz miasta Gorlice Urząd Rejonowy w Limanowej dla gmin: Dobra, Jodłownik, Kamienica, Laskowa, Limanowa, Łukowica, Mszana Dolna, Niedźwiedź i Tymbark oraz miast Limanowa i Mszana Dolna Urząd Rejonowy w Nowym Sączu dla gmin: Chełmiec, Gródek n.