Po blisko dwóch latach Joe Bonanno wrócił z „niewoli” (zwolniony przez Magaddino), ale zamiast przystać na ustalenia z Komisją (miał wrócić do Nowego Jorku i zaakceptować wybór DiGregorio na nowego szefa), ponownie gdzieś zniknął. Był to znak dla pozostałych bossów, że Joe nie zamierza przestrzegać ustaleń. DiGregorio nie był w stanie przywołać Joego do porządku (próbował go dopaść razem z jego poplecznikami – strzelanina na Troutman Street na Brooklynie, grudzień 1966 roku, nikt nie zginął i nie odniósł obrażeń), przez co stracił stanowisko bossa (został zdegradowany, ale przeżył). Jego miejsce zajął Paul Sciacca, ale i jemu nic się nie udało, dochodziło wprawdzie do strzelanin (ginęli kolejni gangsterzy po obu stronach), ale problem nie został rozwiązany. Sciacca został również zdegradowany ze stanowiska ok. 1970 roku.
Życie w ciągłym stresie spowodowało, że Joe Bonanno w 1968 roku przeszedł zawał serca, zamieszkał w swoim domu w Tucson w Arizonie. Wojna trwała w najlepsze, dochodziło do kolejnych strzelanin (na terenie Brooklynu i Arizony). W końcu jednak doszło do zawieszenia broni, konflikt został zakończony.