W obliczu nadchodzącej wojny, mieszkańcy kibucu ufortyfikowali swoją osadę. Jednak specyficzne położenie osady uniemożliwiało budowę normalnych fortyfikacji. Niccanim było położone przy jedynej nadmorskiej drodze, przy czym granica osiedla ciągnąca się wzdłuż drogi wynosiła 700 metrów. Pozostałe boki kibucu, o długościach 800 i 400 metrów, były położone w większości w wąwozie pomiędzy wzgórzami. Teren utrudniał budowę okopów, bunkrów i stanowisk strzeleckich. W odległości 2 km na północny wschód znajdowało się Wzgórze 69, na którym umiejscowiono punkt obserwacyjny.
Na samym początku I wojny izraelsko-arabskiej przeprowadzono ewakuację dzieci i kobiet z Niccanim (w nocy z 16 na 17 maja). W następnych dniach na froncie południowym doszło do serii bitew, z których najsłynniejszą była bitwa o kibuc Jad Mordechaj (19-24 maja 1948). Popołudniem 29 maja punkt obserwacyjny przy Niccanim zauważył marsz egipskiej kolumny zmechanizowanej drogą nadbrzeżną na północ. Raport mówił o około 2-3 tys. egipskich żołnierzy i około 1,3 tys. pojazdów, w tym czołgów, bojowych wozów opancerzonych i artylerii. W izraelskiej ocenie, wojska egipskie przeprowadzały natarcie w kierunku na miasto Aszdod. Aby temu przeciwdziałać, Izraelczycy przeprowadzili operację Filistia, w której ponieśli taktyczną porażkę.