Józefa w Podgórzu nową placówkę duszpasterską, która obejmowała krakowskie dzielnice Dębniki i Zakrzówek oraz gminę Pychowice i powierzył ją Towarzystwu Salezjańskiemu.
Dwa lata później u zbiegu ulic Pułaskiego i Konfederackiej, na darowanej przez miasto parceli, zbudowano drewniany kościół, który 5 grudnia 1920 został konsekrowany. Wobec rosnącej liczby mieszkańców parafii kościół stał się zbyt ciasny i w 1929 powołano komitet budowy nowej świątyni.
Uchwałą rady miejskiej z 31 października 1930 dotychczas dzierżawiony teren, został przekazany nieodpłatnie parafii, która decyzją kurii uzyskała pełną samodzielność.
Rozpisano konkurs i do realizacji wybrano projekt architekta Wacława Krzyżanowskiego,
9 października 1932 arcybiskup Sapieha poświęcił kamień węgielny a w sześć lat później sufragan krakowski Stanisław Rospond dokonał konsekracji nowego kościoła.
Uczestnikiem uroczystej konsekracji kościoła był student polonistyki Karol Wojtyła, który latem 1938 zamieszkał na Dębnikach, przy ul. Tynieckiej 10, w domu swojego wuja Feliksa Kaczorowskiego.
W tym parafialnym kościele odprawił też w dniu 3 listopada 1946 roku swoją mszę świętą prymicyjną a jako Jan Paweł II odwiedził świątynię 17 sierpnia 2002.