Kościół spłonął 24 grudnia 1940. Miejsce sprawowania nabożeństw przeniesiono do kaplicy położonej na zamku, odbywały się one od tego czasu jedynie w języku niemieckim.
Po zakończeniu II wojny światowej w parafii pozostało około 3000-4000 wiernych, pozbawionych stałej opieki duszpasterskiej. Z kościoła pozostały jedynie zgliszcza, natomiast nieruchomości parafialne pozostawały zamieszkiwane przez ludzi niezwiązanych z kościołem.
Nabożeństwa przeniesione zostały z zamku do kaplicy położonej przy ul. Kościuszki. W pozostałościach spalonego kościoła odbywały się uroczyste nabożeństwa świąteczne.
Pierwszym stałym duszpasterzem po wojnie został Maksymilian Cybulla. Pierwsze nabożeństwo odprawił 14 września 1952. Następnie parafią administrowali ks. Eugieniusz Sauter i ks. Antoni Komendera. Funkcję proboszcza w latach 1959-1970 pełnił ks. Paweł Kubiczek, od 1966 senior diecezji mazurskiej.
Do około 1965 prowadzone były starania o odbudowę kościoła, jednak ze względu na wciąż malejącą liczbę wiernych w parafii związaną z masowymi wyjazdami miejscowej ludności do Europy Zachodniej, nie było to możliwe. Od lipca 1970 roku do 1975 urząd proboszcza sprawował ks.