W 1885 z obszaru eparchii kaukaskiej wydzielono samodzielną eparchię władykaukaską i mozdocką (działała do 1920), zaś w 1919 decyzją Wyższego Zarządu Cerkiewnego Południa Rosji – eparchię kubańską i jekatierinodarską. W latach 20. i 30. XX wieku, podobnie jak inne instytucje Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, eparchia została poddana gwałtownym represjom – z polecenia władz bolszewickich doszło do ataków na duchowieństwo i zniszczenia większości świątyń. W Stawropolu z ponad 20 cerkwi czynnych przed rewolucją październikową czynna pozostawała jedna. Częściowe odrodzenie życia religijnego w regionie miało miejsce po zmianie polityki władz ZSRR wobec Kościoła prawosławnego w czasie II wojny światowej oraz po objęciu godności biskupa stawropolskiego przez metropolitę Antoniego (Romanowskiego). Doszło wówczas do otwarcia szeregu nieczynnych cerkwi oraz reaktywacji pracy seminarium duchownego w Stawropolu. Zostało ono zamknięte ponownie w latach 60. XX wieku. Sytuacja eparchii zmieniła się całkowicie po upadku ZSRR. W czasie sprawowania urzędu biskupa stawropolskiego przez Gedeona (Dokukina) w latach 1990–2003 liczba czynnych świątyń wzrosła czterokrotnie, otwarto również seminarium duchowne oraz prywatne szkoły prawosławne.