W konsekwencji kontrakt z menadżerem Westleyem nie został przedłużony, a jego miejsce zajął były trener Grays Atheltic Mark Stimson. Pomimo że zespół zajął w lidze dopiero 8. miejsce, sukces osiągnął w rozgrywkach FA Trophy, gdzie po raz drugi w swej historii zagrał w finale. Tym razem na nowym Wembley, w obecności 53 262 kibiców, The Boro pokonali Kidderminster Harriers 3:2 i byli pierwszą drużyną, która wygrała jakikolwiek finał na zmodernizowanym stadionie.
W następnym sezonie Stevenage pobiło klubowy rekord; w kolejnych ośmiu meczach nie straciło bramki. Wkrótce potem Stimsonowi zaproponowano nowy kontrakt ale ten odmówił, gdyż przyjął ofertę drużyny z Football League Gillingham. Zastąpił go Peter Taylor, który zrezygnował po tym jak Stevenage nie osiągnęło play-offów w sezonie 2007/2008.
thumb|Piłkarze The Boro świętują zdobycie FA Trophy po zwycięstwie z York City w 2009 roku
Do klubu powrócił Graham Westley. W sezonie 2008-09 klub zaliczył dwudziestosiedmio meczową serię bez porażki i awansował do play-offów zajmując ostatecznie 5.