Rozbiory Polski thumb|Widok śródmieścia Zbąszynia z 1900 thumb|Widok miasta w 1916, fot. Hermana Lukowskiego W 1793 w wyniku II rozbioru Polski została zajęta przez Prusy i jak cała Wielkopolska, znalazła się w zaborze pruskim. Pod koniec XVIII wieku w Zbąszyniu znajdował się katolicki i ewangelicki kościół, 4 budynki publiczne oraz 154 domy zamieszkane przez 948 mieszkańców w tym 115 wyznawców judaizmu. W mieście pracowało 18 gorzelników, winiarzy i szynkarzy, 18 szewców, 12 sukienników, 12 krawców, 6 kowali i mieczowników, 6 piekarzy, 5 garncarzy, 4 rzeźników, 1 mielcarz, 1 zegarmistrz, 3 muzyków, 5 kupców i 3 stróżów nocnych. W 1800 miasto liczyło 1039 mieszkańców i powstała w nim wówczas przędzalnia bawełny.
Po zwycięskim dla Polaków drugim powstaniu wielkopolskim, jakie odbyło się w 1806 miasto w latach 1807–1815 znalazło się w powiecie babimojskim departamentu poznańskiego w granicach Księstwa Warszawskiego. W 1808 liczba mieszkańców wyniosła 1039, którzy mieszkali w 170 domach. Od 1815 decyzją kongresu wiedeńskiego dokonano podziału Księstwa Warszawskiego i Wielkopolska ponownie weszła w skład Królestwa Prus jako Wielkie Księstwo Poznańskie, a później Prowincja Poznańska. W 1816 w mieście mieszkało 1110 mieszkańców.