Niedługo później stworzył pierwsze dzieło operowe Diabły z Loudun, którego prawykonanie odbyło się 20 czerwca 1969 w Operze Hamburskiej w reżyserii Konrada Swinarskiego.

Od 1973 zajmował się dyrygenturą, prowadząc polskie oraz światowe zespoły symfoniczne, wykonując m.in. utwory Beethovena, Schuberta, Mendelssohna, Szostakowicza oraz własne.

Od 1978 był członkiem Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK).

W 1996 skomponował symfonię-oratorium Siedem bram Jerozolimy na zamówienie miasta Jerozolimy z okazji jubileuszu 3000 lat Świętego Miasta; prawykonanie miało miejsce w Jerozolimie 9 stycznia 1997, a pierwsze wykonanie w Polsce odbyło się w Warszawie 14 marca 1997. thumb|Wywiad z Krzysztofem Pendereckim zrealizowany przez Louisiana Museum of Modern Art, wideo (2013) Założył międzynarodową akademię muzyczną Europejskie Centrum Muzyki w Lusławicach, gdzie mieszkał od 1976. Otwarcie akademii odbyło się 21 maja 2013.