Po wyjeździe biskupa Narcyza rozpoczęły się prześladowania nowo nawróconych. W trakcie prześladowań pojmano też Afrę i namawiano ją, by powróciła do kultu Wenus i związanego z nim nierządu. Afra pozostała jednak przy nowej wierze, więc skazano ją na karę śmierci przez spalenie. 7 sierpnia ok. 304 r. (co poświadczają historyczne dokumenty) zaprowadzono Afrę na wyspę na rzece Lech (prawdopodobnie w pobliżu obecnego Friedbergu), przywiązano do słupa, obłożono chrustem i podpalono.
Znany poeta łaciński Wenancjusz Fortunat, żyjący w epoce Merowingów wymienił Augsburg jako miejsce pogrzebu Afry; wspominał też o jej męczeństwie.
W 1064 odkryto w Augsburgu rzymski sarkofag z nadpalonym ciałem niewieścim. Umieszczono je w kościele, który nosi dziś tytuł świętych Afry i Ulryka. Rok ten przyjmowany jest przez niektóre źródła jako data kanonizacji.
6 sierpnia 1177 w Lechfeldorf (dzisiejszy Friedberg), miejscu przypuszczalnej śmierci Afry, papież Aleksander III zatwierdził przynależność miejscowego kościoła św. Afry na Polach do klasztoru pod wezwaniem św. Afry i św. Ulryka w Augsburgu.