Zarzucono mu ponadto, iż w swoich kazaniach krytykował władzę radziecką i partię bolszewicką, nawołując do niebrania udziału w wojnie domowej. Duchowny został osadzony w więzieniu w Orle, które opuścił w 1922 po podpisaniu zobowiązania o pozostawaniu w mieście. Po uwolnieniu objął zarząd eparchii orłowskiej jako jej locum tenens. Zwalczał ruch odnowicielski.
29 października 1922, kilka miesięcy po zwolnieniu, biskup Daniel ponownie został aresztowany pod zarzutem agitacji kontrrewolucyjnej. Został skazany na dwuletnią zsyłkę do Chiwy. W toku śledztwa poprzedzającego wyrok postawiono mu dodatkowe zarzuty: kradzieży majątku monasteru, którym kierował oraz uwiedzenia małoletniej; oskarżenia te ostatecznie upadły i końcowy wyrok dotyczył jedynie sprawy politycznej.
Po odbyciu kary zesłania duchowny został w 1926 uwięziony ponownie i przebywał od kwietnia do września w moskiewskim więzieniu na Butyrkach, po czym został zesłany do Kineszmy. W 1928 zwolniono go, wydając równocześnie zakaz osiedlenia w sześciu głównych miastach ZSRR. Duchowny udał się do eparchii smoleńskiej i został jej biskupem pomocniczym jako biskup rosławski. Następnie w 1931 zostaje biskupem orłowskim, zaś od 1931 do 1934 – briańskim. 7 stycznia 1934 otrzymał godność arcybiskupią.