W 30 lat po założeniu uczelni w 1958 otwarto w Rzymie Wydział Medycyny i Chirurgii. Do jego powstania przyczynił się jeden z założycieli uniwersytetu lekarz o. Agostino Gemelli OFM. W 1965 otwarto w Brescii nową siedzibę Wydziału Pedagogicznego, w 1971 Wydział Matematyki, Fizyki i Biologii. W latach 90. XX w. powstał Wydział Bankowości. W 1991 zainaugurowano wydziały Filologiczne w Mediolanie i Brescii. Pod koniec lat 90. powstały wydziały Psychologiczny i Techniki.

W 2000 uniwersytet założył trzynaście centrów kulturalnych w różnych regionach Włoch. W instytutach tych, dzięki współpracy z wydziałami, zaoferowano możliwość uzyskania dyplomów studiów wyższych. Centra te zajęły się organizacją badań w terenie, kursów formacyjnych na różnych poziomach oraz edukacją. W 2001 powstał Wydział Socjologii.

W 2002 w Campobasso w regionie Molise powstała piąta siedziba uniwersytetu z centrum badań biomedycznych. Kamień węgielny pod budowę siedziby uniwersyteckiej poświęcił 19 marca 1995 papież Jan Paweł II.

W 2004 przebudowano poliklinikę Gemelli w Rzymie. Nowy kompleks szpitalny stał się jednym z najnowocześniejszych tego typu w Europie.