Został pracownikiem naukowym Instytutu Filozofii UMK, w latach 1989–1995 pracował w Katedrze Socjologii, od 1995 związany z Instytutem Socjologii UMK (w latach 1998–2006 pełnił funkcję jego dyrektora). Został kierownikiem Podyplomowego Studium Socjologii Bezpieczeństwa Wewnętrznego i Zakładu Interesów Grupowych. Objął stanowisko profesora nadzwyczajnego UMK, był również profesorem nadzwyczajnym Akademii Humanistyczno-Ekonomicznej w Łodzi. Wchodził w skład Komitetu Naukoznawstwa Polskiej Akademii Nauk.
Jest autorem tekstów publikowanych na łamach m.in. „W Sieci”, „Naszego Dziennika” i „Gazety Polskiej”.
W czerwcu 2020 Prezydium Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów podjęło decyzję odmawiającą przedstawienia prezydentowi jego kandydatury do tytułu profesora. Andrzej Zybertowicz tytuł profesora nauk społecznych otrzymał 1 grudnia 2021Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 1 grudnia 2021 r. nr 115.23.2021 w sprawie nadania tytułu profesora ()..