W 1940 wstąpił do Legionu Francuskich Kombatantów oraz do Legionowej Służby Porządkowej. Po powstaniu Milicji Francuskiej został jej szefem na departament Sabaudia a następnie zastępcą Josepha Lécussan, szefa Milicji na Rodan-Alpy. Po przeniesieniu Lécussan zajął jego stanowisko podlegając SS-Ostubaf Wernerowi Knabowi, komendantowi Sipo-SD na region. W czasie służby w Lyonie Touvier był bliskim współpracownikiem SS-Ostuf Klausa Barbiego, szefa IV sekcji (Gestapo) w komendzie, jako milicjant odpowiada za prowadzone wspólnie z Niemcami działania wymierzone w Ruch Oporu oraz w ludność cywilną, w tym w Żydów, których mienie konfiskował. 10 stycznia 1944, razem z Barbiem i SS-Ostuf Augustem Moritzem (szef wydziału komendantury odpowiedzialnego za wywiadu), brał udział w zamordowaniu byłego prezydenta Ligi Praw Człowieka Victora Bascha i jego żony Hélène (w 1944 oboje mieli skończyć 81 lat).