13 czerwca po przeglądzie w San Francisco i treningu w Pearl Harbor, „Cowpens” popłynął w kierunku zatoki San Pedro znajdującej się na Leyte. W drodze na Filipiny samoloty z jego pokładu zbombardowały też wyspę Wake 20 czerwca. Po dołączeniu do Task Force 58, „Cowpens” wypłynął 1 lipca z zatoki San Pedro, by wziąć udział w ostatnich nalotach bombowych na japońskie wyspy macierzyste. Jego samoloty bombardowały Tokio, Kure oraz inne miasta znajdujące się na Hokkaido i Honsiu do 15 sierpnia. „Cowpens” był pierwszym amerykańskim lotniskowcem, który wpłynął do portu w Tokio. Znajdując się poza Zatoką Tokijską do okupacyjnych lądowań rozpoczętych 30 sierpnia, samoloty „Cowpensa” rozpoczęły fotograficzne misje rozpoznawcze w celu patrolowania lotnisk i ruchów okrętów oraz do lokalizacji i zaopatrywania obozów jenieckich. Marynarze z USS „Cowpens” byli pierwszymi Amerykanami, którzy postawili swoje stopy na japońskim terytorium i byli w dużej mierze odpowiedzialni za uruchomienie awaryjnego lotniska w pobliżu Yokosuki i wyzwolenie obozu jenieckiego koło Niigata.