15 sierpnia 1943 wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR (Armii Berlinga), został zastępcą dowódcy 2 Pułku Artylerii Lekkiej 2 Dywizji Piechoty d.s. politycznych. Od października 1943 w miejscowości Biełoomut w obwodzie moskiewskim, niedaleko Moskwy nadzorował formowanie Samodzielnego Batalionu Szturmowego – jednostki dywersyjno-rozpoznawczejW marcu 1944 przemianowanego na Polski Samodzielny Batalion Specjalny. Ryszard Terlecki, Miecz i tarcza komunizmu. Historia aparatu bezpieczeństwa w Polsce 1944–1990, Kraków 2007, s. 10..
W 1944 należał do Zarządu Głównego Związek Patriotów Polskich, był również od lutego 1944 zastępcą sekretarza tajnego Centralnego Biura Komunistów Polski przy KC WKP(b), w tymże roku wstąpił do Polskiej Partii Robotniczej.
Po powołaniu Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego stanął na czele wchodzącego w jego struktury Resortu Bezpieczeństwa Publicznego, zajmował to stanowisko od 21 lipca do 31 grudnia 1944. Najważniejsze stanowiska w kierowanym przez niego resorcie objęli funkcjonariusze NKWD i absolwenci kursów NKWD w Kujbyszewie oraz członkowie PPR, oraz Gwardii Ludowej i Armii Ludowej z okresu okupacji niemieckiej. Po przekształceniu PKWN w Rząd Tymczasowy, a RBP w Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego, został awansowany do stopnia generała brygady i objął stanowisko ministra.