Na wolność wyszedł 11 listopada 1953 r. Ukończył studia na Politechnice Warszawskiej i rozpoczął pracę w Zakładzie Kabli i Przewodów Elektrycznych na Politechnice Warszawskiej. W późniejszych latach pracownik Biura Badawczego ds. Jakości.
Zrehabilitowany przez Sąd Wojewódzki w Warszawie w 1993 roku.
Odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (2012)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 4 lipca 2012 r. o nadaniu orderów i odznaczeń, . i Krzyżem Walecznych.
Na podstawie wspomnień Henryka Kończykowskiego powstała książka dla dzieci „Halicz. Na podstawie wspomnień Henryka Kończykowskiego” autorstwa Roksany Jędrzejewskiej-Wróbel. Historię powstańca opisał też Jarosław Wróblewski w książce „Zośkowiec”.
12 stycznia 2016 w jego domu w dniu urodzin odwiedził go prezydent Andrzej Duda.
Spoczął 5 grudnia 2016 na warszawskich Powązkach w grobie rodzinnym
Upamiętnienie W Dziwnowie w 2015 r. powstała 63 Drużyna Harcerska „Szare Szeregi”, która przyjęła za Bohatera (patrona) Henryka Kończykowskiego ps. „Halicz”. Dziwnow.net, 2016-09-02 [dostęp 2017-01-05]..