Okres międzywojenny 1920–1939 Po włączeniu w 1920 roku Bydgoszczy do odrodzonego państwa polskiego, nastąpił intensywny rozwój instytutu, który działał jako Państwowy Instytut Naukowo-Rolniczy do roku 1927. Od tego czasu placówka bydgoska stała się oddziałem Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach. Zasadniczo placówka kontynuowała prace badawcze Instytutu im. Cesarza Wilhelma. Została zreorganizowana na wzór uniwersytetu z czterema wydziałami: chemii rolnej, chorób roślin, higieny zwierząt i melioracji. Konkurencja silniejszego ośrodka nauk rolniczych, jakim był już wówczas Poznań, systematyczne ograniczanie jego samodzielności i zakresu prac badawczych, nie sprzyjały jednak rozwojowi Instytutu. Korzystne zmiany, m.in. znaczne wzmocnienie kadr naukowych, nastąpiły dopiero krótko przed II wojną światową, w związku ze zmianami administracyjnymi i włączeniem (w kwietniu 1938) Bydgoszczy w administracyjne granice Wielkiego Pomorza. Do roku 1939 w ramach oddziału funkcjonowały następujące placówki: Wydział Chemii Rolnej, Dział Hodowli Roślin, Wydział Chorób Roślin, Dział Melioracji (do 1932), Dział Mleczarski (do 1932, Dział Ekonomiki i Organizacji Rybactwa (do 1932), Wydział Zoohigieny (do 1935)