Do ważniejszych osiągnięć naukowych bydgoskich instytutów należały m.in. rozpoznanie wirusa ziemniaczanego, roznoszonego przez mszycę żyjącą na drzewach brzoskwiniowych, zwalczanie gruźlicy bydła oraz określenie wpływu nawadniania i nawożenia pól na plony roślin. W 1912 roku oddziałowi chemii rolnej przydzielono gospodarstwo doświadczalne w Mochlu koło Bydgoszczy, gdzie prowadzono szeroko zakrojone badania nad odżywianiem i rozwojem roślin i zwierząt w warunkach naturalnych. Dysponowano także gospodarstwem doświadczalnym w Pęchowie oraz pozyskiwano właścicieli ziemskich do współpracy w przeprowadzeniu doświadczeń na ich polach.
Instytut im. cesarza Wilhelma w Bydgoszczy poza działalnością badawczą prowadził także ożywioną działalność dydaktyczną, w celu propagowania i wprowadzania wyników badań i doświadczeń do praktyki w rolnictwie. Odbywały się wykłady publiczne na różne interesujące i aktualne tematy, o których terminie donosiła prasa codzienna i fachowa oraz praktyki dla osób z wykształceniem przyrodniczym w celu dokształcania w dziedzinie botaniki rolniczej, bakteriologii, agrochemii, techniki melioracyjnej oraz chorób roślin i zwierząt. Do najwybitniejszych naukowców zatrudnionych w instytucie należeli m.in.: dyrektor placówki prof. dr Max Gerlach, zwany „królem kartofli na wschodzie”, prof. dr.