Pozbawieni tureckiego wsparcia wojskowego Azerowie zintensyfikowali działania zmierzające do formowania własnych sił zbrojnych. 28 października postanowiono o utworzeniu ministerstwa obrony, powołanego 7 listopada. Jego siedzibą 22 listopada stała się Gandża, gdzie przystąpiono do formowania regularnej armii azerbejdżańskiej na bazie oddziałów wchodzących wcześniej w skład Kaukaskiej Armii Islamu. Na czele ministerstwa 25 grudnia stanął gen. Samed-bek Sadyh-bek ogły Mehmandarow, zaś 29 grudnia funkcję jego zastępcy objął gen. Ali-Aga Ismaił-Aga ogły Szichlinski. 15 stycznia 1919 r. został powołany sztab główny armii z oddziałami: artyleryjskim, intendenckim, inżynieryjnym, generał kwatermistrza, dyżurnego generała, wojenno-sanitarnym, wojenno-szkoleniowym, topograficznym i kontrolnym. W marcu tego roku sztab przeszedł reorganizację, w wyniku której na bazie wydziału generał kwatermistrza powstał główny zarząd sztabu generalnego, podzielony na oddziały: generał kwatermistrza, wojskowo-topograficzny, wydział dowódcy transportu wojskowego i dowódcy przemieszczania wojsk. Przy sztabie istniały też sąd wojenny i nadzór wojskowo-prokuratorski. Szefem sztabu został gen. Matwiej Sulejman Sulkiewicz, następnie gen. Habib-bek Salimow, zaś w połowie grudnia gen. Abdulhamid-bej Szarif-bej ogły Gaitabaszi.