Wybuchem konfliktu zbrojnego zakończyły się natomiast spory pograniczne z Demokratyczną Republiką Armenii, która podpisała tajny pakt wojskowy z Białymi. W okręgach nachiczewańskim, zangezurskim i karabachskim, z których wycofały się wojska tureckie, Ormianie przystąpili do represji i wypędzeń ludności muzułmańskiej. Kolejnym problemem była kwestia Górskiego Karabachu, który - znajdując się na terytorium Azerbejdżanu - był zamieszkały w zdecydowanej większości przez ludność ormiańską. W lipcu 1918 r. ogłosiła ona niezawisłość tego obszaru. Działania Ormian miały wsparcie Brytyjczyków. Nie mając dostatecznych sił wojskowych w tym regionie, Azerowie zaczęli tworzyć lokalne formacje zbrojne. 22 kwietnia 1918 r. w Nachiczewanie została proklamowana Republika Araksu. Polityka jej władz zmierzała do połączenia się z Demokratyczną Republiką Azerbejdżanu. Istniała do końca maja 1919 r., kiedy zlikwidowały ją wojska armeńskie dowodzone przez brytyjskich doradców militarnych. Doprowadziło to w czerwcu tego roku do krótkotrwałego konfliktu zbrojnego z oddziałami regularnej armii azerbejdżańskiej.