Po ponad 32 latach ze sportowej mapy Torunia zniknął klub, który sympatykom kojarzył się przede wszystkim z piłka nożną. Tego samego dnia jednak, niemalże to samo grono działaczy, występując już jako komitet założycielski powołało do życia Toruński Klub Piłkarski, w którym zarówno finanse, jak i zarządzanie wzięły na siebie władze miejskie. Mimo że w składzie nowego, 10-osobowego zarządu, nie znalazł się nikt bezpośrednio związany z zakładem Elana (już wtedy Elana SA), oficjalnie potwierdzono, że TKP będzie kontynuował piłkarskie tradycje ZKS Elana. 11 marca 2000 TKP rozegrał swój pierwszy mecz ligowy pokonując na zaśnieżonej murawie Pomezanię Malbork 2:1.
Sezonu 1999/200 nie udało się już jednak uratować i nastąpił spadek o kolejny poziom niżej – w efekcie z 2 ligi w 1998 zrobiła się 4 liga w 2000. Przez kilka kolejnych sezonów klub krążył między 3 a 4 ligą, trzykrotnie natykając się na dawnego lokalnego rywala, czyli Pomorzanina – w sezonach 2000/2001, 2001/2002 i 2003/2004. Po awansie w 2004 klub rozegrał kolejne 9 sezonów w 3 lidze, od marca 2008 powracając częściowo do dawnej nazwy i od tego czasu występuje jako TKP Elana Toruń. Od 17 czerwca 2010 forma klubu przekształcona jest na Spółkę Akcyjną, której pierwszymi udziałowcami byli: Urząd Miasta Torunia (większość udziałów), Marwit sp. z o.o. i Karo Biuro Handlu Zagranicznego, a kapitał zakładowy wyniósł 651 tys. złotych