17 września 1939 Malczykowie, wspólnie z bratem Karola, księdzem Erazmem, przekroczyli granicę węgierską. Zamieszkali w Zamárdi, gdzie uczyli w polskim gimnazjum dla uchodźców. Później przenieśli się do Mád, gdzie Karol Malczyk wykonał polichromię w miejscowym kościele rzymskokatolickim. Później pracował w kolejnych, w okolicy. Po zakończeniu wojny przeprowadzili się do Budapesztu, gdzie Erazm Malczyk został w 1947 proboszczem polskiej parafii personalnej. Karol zaprojektował i wykonał polichromię w kościele pw. Matki Bożej Wspomożycielki Wiernych. Jej głównym elementem był polski orzeł na sklepieniu, złożony z wielu skrzydlatych postaci aniołów, nawiązujących do stylistyki secesji i Młodej Polski. W 1949 Malczykowie, mający już kilkuletniego syna, zdecydowali się na dalszą emigrację do Kanady, gdzie artysta stworzył polichromie w kościołach w Rivier Canard, Blenheim i Kent BridgeKatarzyna Szrodt "Powojenna emigracja polskich artystów do Kanady - rozwój życia artystycznego w nowej rzeczywistości w latach 40. i 50. XX wieku: (zarys problematyki w świetle prasy kanadyjskiej)" Archiwum Emigracji : studia, szkice, dokumenty 1-2 (12-13)/2010, s. 242-270. Następnie przenieśli się do Stanów Zjednoczonych.