W drodze znad Berlina jego ciężki bombowiec Pe-8 został uszkodzony przez artylerię przeciwlotniczą nad Królewcem i zdołał awaryjnie lądować w Estonii na pasie „ziemi niczyjej” między liniami frontu. Wraz z załogą przedarł się następnie na stronę radziecką. Z powodu dużych strat poniesionych podczas tego nalotu, Wodopjanow został zdjęty z dowodzenia dywizją, lecz udało mu się uniknąć innych represji i latał w dalszym ciągu jako pilot (przyczyną strat był głównie niedopracowany sprzęt oraz brak koordynacji i pośpiech w przygotowaniach do nalotu, zarządzonego osobistym rozkazem Stalina). W 1943 awansowano go na stopień generał-majora lotnictwa.

Po wojnie, w 1946 Wodopjanow został zwolniony z lotnictwa. W 1950 jeszcze brał udział w organizacji dryfującej stacji polarnej „Siewiernyj polus 2”. Zajął się pisarstwem, mieszkając w Moskwie. Opublikował m.in. autobiograficzną książkę Polarny lotnik (1952) i biografię Walerij Czkałow (1954).