Konsekwencje operacji W czasie akcji zginęły trzy inne osoby: syn bin Ladena oraz jego prywatny kurier wraz ze swoją żoną. Jedna z żon bin Ladena, Amal Abdulfattah al-Sadah, została raniona w udo kulą po tym, kiedy Osama użył jej jako żywej tarczy. Prezydent Obama oświadczył, że test DNA potwierdził tożsamość terrorysty.
W trakcie operacji z powodu awarii siły amerykańskie utraciły jeden z czterech (dwa Sikorsky Tf-160 Stealth Hawk / MH-60R i dwa MH-47 Chinook) helikopterów użytych w tej akcji. Uszkodzony helikopter komandosi wysadzili w powietrze, aby nie dostał się w obce ręce. Ogon helikoptera z rotorem i awioniką umieszczoną w ogonie nie został całkowicie zniszczony i stał się obiektem zainteresowania amerykańskich dziennikarzy. W operacji nie zginął żaden z amerykańskich żołnierzy. Po wykonaniu zadania oddział bezpiecznie ewakuował się pozostałymi trzema helikopterami.
Koszt operacji Włócznia Neptuna wyniósł 10 mln dolarów plus wartość straconego helikoptera, szacowaną na około 60 mln dolarów. Sekretarz stanu Hillary Clinton wezwała rząd Pakistanu do natychmiastowego zwrotu wraku helikoptera rządowi amerykańskiemu. Odmowa mogła spowodować utratę 16,5 mld dolarów finansowej pomocy amerykańskiej dla Pakistanu.