Na zesłaniu podjął pracę teologiczno-literacką, pisząc dla swoich dzieci duchowych pracę Droga, Prawda i Życie.
Aresztowany ponownie w czasie zsyłki, został w 1931 skazany ponownie na pięć lat zsyłki pod zarzutem grupowania wokół siebie duchowieństwa i zesłańców o "reakcyjnym nastawieniu". Do 1937 przebywał na zsyłce w obwodzie omskim. W lutym 1937 jego wyrok miał się zakończyć, został więc nominowany do objęcia katedry omskiej. Został jednak praktycznie natychmiast aresztowany, co uniemożliwiło mu jakąkolwiek działalność duszpasterską. Przebywał na zsyłce do 1940, po czym zezwolono mu na przeprowadzkę do Borisoglebska, gdzie zamieszkał u swoich sióstr. Pracował jako leśny stróż.
W listopadzie 1943 duchowny został wyznaczony do objęcia katedry irkuckiej, jednak na krótko przed wyjazdem z Moskwy, za sprawą delegacji wiernych eparchii astrachańskiej, patriarcha Sergiusz zgodził się skierować arcybiskupa Filipa ponownie do Astrachania. Zarządzając eparchią, duchowny doprowadził do otwarcia ponad 20 nowych parafii oraz do organizacji pierwszych placówek duszpasterskich w Stalingradzie. W 1948 otrzymał godność metropolity. W 1949 został locum tenens eparchii saratowskiej, jednak została ona jeszcze w tym samym roku przyłączona do eparchii astrachańskiej.