Położony na uboczu zamek przetrwał bez uszkodzeń obie wojny światowe. Do 1944 służył jako magazyn dzieł zagrabionych we Francji, zarządzany przez , organizację podległą NSDAP. Dzieła sztuki były tam dokumentowane fotograficznie. Po zakończeniu II wojny światowej na zamku odnaleziono 39 albumów zdjęć, które świadczyły o skali grabieży i które są przechowywane w amerykańskim National Archives and Records Administration. Pod koniec wojny w budynku ukryto złoto ze skarbca Reichsbanku, które zostało w ostatnich jej dniach przetransportowane w nieznane miejsce. SS miało zamiar w kwietniu 1945 wysadzić Neuschwanstein, by uniemożliwić wrogowi przejęcie budynku i dzieł sztuki. Wyznaczony dowódca jednostki nie wykonał rozkazu i przekazał zbiory odpowiedzialnej za zbiory komórce nadchodzących wojsk sprzymierzonych. Po drugiej wojnie światowej część pomieszczeń wykorzystywały bawarskie archiwa, jako prowizoryczny skład dokumentów (do czasu odbudowy zbombardowanych budynków w Monachium). W 2002 roku w pobliżu Neuschwanstein spadły kawałki meteorytu, skatalogowane jako meteoryt Neuschwanstein.