i objęciu naczelnego dowództwa przez marszałka Hindenburga, Leopold Bawarski został 29 sierpnia 1916 mianowany Naczelnym Dowódcą połączonych Armii Cesarstwa Niemieckiego i Austro-Węgier na froncie wschodnim (Oberbefehlshaber Ost (Ober-Ost). Jego poprzednikiem na tym stanowisku był właśnie Hindenburg.
Po przewrocie bolszewickim w Rosji, 15 grudnia 1917 Rosja zawarła z państwami centralnymi najpierw rozejm, a następnie 22 grudnia na wniosek bolszewików rozpoczęły się rokowania pokojowe w Brześciu, mające doprowadzić do separatystycznego pokoju. Rokowania te doprowadziły ostatecznie do zawarcia w Brześciu 3 marca 1918 między Cesarstwem Niemieckim i Austro-Węgrami oraz ich sojusznikami Królestwem Bułgarii i Imperium Osmańskim, a RFSRR traktatu pokojowego. Jego sygnatariuszem ze strony Niemiec był Leopold Bawarski.
Po zawarciu pokoju brzeskiego został wraz z marszałkami Paulem von Hindenburgiem i Augustem von Mackensenem odznaczony Krzyżem Wielkim Krzyża Żelaznego – najwyższym odznaczeniem wojskowym Cesarstwa Niemieckiego. Ponownie przeszedł w stan spoczynku, a obowiązki szefa Ober-Ostu (od marca 1918 – wyłącznie okupacyjne) przejął gen.