Glenn wystartował z Los Angeles, trzykrotnie uzupełniał paliwo w powietrzu i po trzech godzinach 23 minutach wylądował na lotnisku Floyd Bennett Field pod Nowym Jorkiem bijąc poprzedni rekord o 23 minuty, lecąc na myśliwcu F8U.
Gdy w 1959 roku rozpoczęto nabór kandydatów na astronautów, Glenn zgłosił swoją kandydaturę. Był już wtedy znanym lotnikiem i doświadczonym oblatywaczem. Mimo swego wieku przeszedł pozytywnie wszelkie próby i badania i 2 kwietnia 1959 został członkiem pierwszej grupy amerykańskich astronautów, którzy rozpoczęli przygotowania do lotów kosmicznych w ramach programu Mercury. Był jedynym lotnikiem spośród amerykańskich astronautów, który brał udział w powietrznych lotach bojowych II wojny światowej. Była to siódemka lotników nazwanych przez Amerykanów original seven (Siódemka programu Mercury). W zespole począł odgrywać przodującą rolę. Jego pomysły dotyczące treningu zostało zaakceptowane przez kierownictwo ośrodka. Astronauci przebyli wyczerpujące tygodniowe ćwiczenia na pustyni Nevady, by zapoznać się z warunkami życia na odludziu, w przypadku przymusowego lądowania w podobnych okolicach. Z własnej inicjatywy Glenn sprawdził reakcję swego organizmu na brak wody, nie przyjmując płynów przez 24 godziny. Brał aktywny udział w planowaniu niektórych urządzeń kabiny Mercury.