thumb|Podczas lotu STS 95 John Glenn był specjalistą ładunku Drugi lot kosmiczny Glenna odbył w roku 1998, po 36 latach, w charakterze specjalisty ładunku użytecznego na pokładzie Discovery. Był to lot STS-95. Prom kosmiczny wystartował 29 października 1998 roku. W momencie startu John Glenn miał ukończone 77 lat. Nikt w jego wieku wcześniej ani później nie poleciał w kosmos. W misji uczestniczył również pierwszy hiszpański astronauta Pedro Duque. Podczas lotu STS-95 na orbicie pozostawiono studenckiego satelitę PANSAT oraz satelitę służącego do obserwacji korony słonecznej SPARTAN. J. Glenn był przez cały czas pod obserwacją lekarzy, których interesowało jak człowiek w takim wieku zniesie warunki lotu kosmicznego. Lot zakończył się 7 listopada 1998 roku po 8 dniach, 21 godzinach, 43 minutach i 57 sekundach.
W sumie jako pilot Glenn wylatał ponad 9000 godzin, a podczas obu pobytów w przestrzeni kosmicznej spędził w niej 9 dni, 2 godziny, 39 minut i 20 sekund.