W czerwcu 2005 r. objął urząd prezydenta, jego rywalem w II turze wyborów był Ali Akbar Haszemi Rafsandżani. mały|Ahmadineżad i Sa’id Maruf W październiku 2005 roku, podczas przemówienia według niektórych tłumaczeń wezwał do „wymazania Izraela z mapy”, fakty.interia.pl., ale interpretacje tego stwierdzenia znacznie się różnią. Został potępiony za antysemityzm, gdy dwa miesiące później określił Holokaust jako mit i skrytykował państwa europejskie za prawne regulacje zabraniające rewizji oraz negowania Holokaustu. W odpowiedzi na oskarżenia Ahmadineżad powiedział: „Nie jestem antysemitą. Bardzo szanuję Żydów”. Ahmadineżad nakazał wznowienie procesu wzbogacania uranu, argumentując, że Iran ma prawo do energii jądrowej do celów pokojowych.
Na „Światowej Konferencji przeciwko rasizmowi, dyskryminacji rasowej, ksenofobii i pochodnym formom nietolerancji” w 2009 w Genewie (tzw. Durban II) określił rząd Izraela jako „rasistowski”, skrytykował też niektóre zachodnie państwa, w tym USA, za obojętność wobec „agresji, brutalność i bombardowania cywilów w Gazie”Co dokładnie powiedział prezydent Iranu, tvn24.pl, [dostęp 2009-04-20].Awantura na genewskiej konferencji ws.