Nie grała w wielu ważnych zawodach w roku 2001; osiągnęła ćwierćfinał Australian Open i czwartą rundę US Open. Dwa razy ograła Hingis. W sezonie 2002 była w trzech ćwierćfinałach wielkoszlemowych (Paryż, porażka z Venus Williams, Londyn, porażka z Justine Henin i Nowy Jork, kolejna porażka z Williams); w Melbourne odpadła po półfinale z Hingis. W lutym wygrała też swój ostatni profesjonalny turniej (pięćdziesiąty trzeci), eliminując w finale w Madrycie Chandę Rubin.
W marcu 2003 po raz ostatni wystąpiła w finale imprezy WTA; miało to miejsce w Dubaju, przegrała z późniejszą mistrzynią, Justine Henin-Hardenne. Jej ostatni turniejowy start miał miejsce podczas French Open; w pierwszej rundzie uległa Nadii Pietrowej 4:6, 0:6.
Monica Seles wygrała w swojej karierze sześć zawodów w grze podwójnej: trzykrotnie uczyniła to w Rzymie (1990, 1991, 1992 z Helen Kelesi, Jennifer Capriati i Heleną Sukovą), raz w San Antonio (1991, z Patty Fendick) i dwukrotnie w Tokio (1997, 1998 z Ai Sugiyamą i Anną Kurnikową). W 1991 roku w parze z Anne Smith awansowała do półfinału Australian Open;